《最后生还者》这一系列游戏一直深受玩家喜爱，然而到了第二部，却引发了诸多争议。特别是剧情部分，很多人忍不住要发表一些批评意见。
火萤组织的真面目
火萤之所以被认为恐怖组织，是有其道理的。他们曾宣称研发疫苗，但缺乏确凿证据。其所谓的疫苗项目或许并不可信。实际上，疫苗的研发需要大量资源和专业人才，而火萤显然不具备这些条件。不少组织在末日时期可能都挂着美好的名义，实则只为自身谋利，火萤也可能属于此类。而且，火萤对乔尔有敌意，这使得他们的正义性难以让人信服。在那个世界里，火萤的行为似乎更像是出于私欲。
艾莉在一、二代中的矛盾
艾莉开始研发疫苗，她似乎深信自己不会付出生命代价。然而，进入第二代疫苗研究时，她却指责乔尔没有尊重她的决定。然而，若非乔尔的保护，艾莉可能连完成第二代疫苗研究的机会都没有。这种矛盾让人难以理解她的心态转变。在当时，疫苗研发的风险极高，成功希望渺茫，乔尔的做法有其合理性。但艾莉并未考虑到这些，她在第二代疫苗研究中的自我中心态度让人难以接受。
火萤制造疫苗的不可能性
分析来看，火萤研发疫苗的承诺显得空洞。技术难题暂且不论，仅资源一项，在末日环境中，哪里能找到足够的资源来生产疫苗？火萤的领导层可能只是想借助艾莉来增强自身实力。再者，那时的科研体系已崩塌，疫苗研发可能只是火萤领导层许下的空想，用以吸引那些抱有希望的人加入，实则并非真正意图拯救世界，更多的是为了他们自己的组织利益。
对艾比角色的抵触
艾比这个角色让人很不喜欢。她残忍地杀害了乔尔，这让玩家们感到很难受。让玩家去控制一个杀害了自己喜爱角色的人，实在是一种糟糕的体验。当玩到她的剧情时，许多玩家都产生了反感。在游戏过程中，因为对乔尔的喜爱，玩家们对艾比只有仇恨，根本不想去了解她的过去。在二代中，她的存在仿佛就是来破坏玩家情感的。
其他角色的槽点
蒂娜这个角色让人感到不悦。杰西为了寻找她而来，他不仅是孩子的父亲，却在死后，蒂娜却无动于衷，关于杰西的剧情也再无提及。这样的描绘让人感觉蒂娜十分冷漠。原本颇受欢迎的杰西，却遭遇如此不幸，实在令人惋惜。整个二代角色的设计和剧情发展，也让玩家觉得不够合理。
对编剧与游戏名不符的质疑
《最后生还者2》的编剧似乎并未考虑粉丝对前作的深厚情感。作为一部备受期待的大公司续作，其剧情却与一代相去甚远，显得颇为自大。若是独立游戏，这样的剧情或许还能接受，但作为一代的续篇，却残忍地杀害了深受玩家喜爱的角色，还让玩家扮演凶手，这并非创新，而是对玩家情感的亵渎。这样的剧情与“最后生还者”这一名字极不相称。编剧似乎并未意识到，二代应当继承一代的情感精髓。